ΘΕΜΑΤΙΚΕΣ ΣΥΛΛΟΓΕΣ
α. Ορυκτά Λαυρίου
Στην προθήκη Δ53 μπορεί κανείς να θαυμάσει εξαιρετικά δείγματα αδαμίνη (κρύσταλλοι πράσινου και χαλάζιου χρώματος επάνω σε σμιθσονίτη η σε λειμωνίτη), σμιθσονίτη σε μια μεγάλη ποικιλία χρωμάτων από την Καμάριζα και την Αγία Βαρβάρα και αζουρίτη (σε κρυστάλλους έως 1 cm).
Στην προθήκη Δ54 ξεχωρίζουν δείγματα αουριχαλκίτη από την περιοχή Καμάριζας, αυτοφυούς χαλκού σε δενδροειδή συσσωματώματα από τα Βίλλια), σερπιερίτη (βελονοειδείς κυανοί κρύσταλλοι που καλύπτουν ασβεστίτη) από την περιοχή του μεταλλείου Σερπιέρι στην Καμάριζα και σπανιότατα δείγματα με κρυστάλλους γαληνίτη (μεγέθους έως 8 cm) από το Αυλάκι και σφαλερίτη (κρύσταλλοι έως 2 cm) με χαλαζία από την Καμάριζα.
Αδαμίτης, Λαύριο
β. Ορυκτά Σερίφου
Στην προθήκη Δ56 υπάρχουν δείγματα λιεβρίτη ύψους 7 cm από τη θέση Κούνδουρος και ένα «ρόδο» από κρυστάλλους βαρίτη μεγέθους 6 cm ενώ στην προθήκη Γ19 εκτίθενται δείγματα με κρυστάλλους φθορίτη και λειμωνίτη από το Μεγάλο Λιβάδι
«ρόδο» βαρίτη, Σέριφος
γ. Ορυκτά Νάξου
Προθήκη Γ20 Μοναδικά είναι τα δείγματα από τη Νάξο, όπως οι κρύσταλλοι μαργαρίτη μεγέθους έως 15 cm με μαύρο τουρμαλίνη, του διάσπορου με μέγεθος έως 4 cm,της βηρύλλου γαλάζιου χρώματος μήκους περί τα 5 cm μέσα σε πηγματίτη, και του κυανίτη μήκους περί τα 10 cm. Διακρίνεται ένα δείγμα μεγέθους 30 cm με κρυστάλλους σάπφειρου (ζαφείρι, ποικιλία του ορυκτού κορούνδιο), βαθυκύανου χρώματος μεγέθους έως 3 cm με μαργαρίτη και τουρμαλίνη.
δ. Ορυκτά Χαλκιδικής
Στην προθήκη Γ21 ξεχωρίζει ένα δείγμα μήκους 12 cm περίπου με κρυστάλλους ασβεστίτη και σιδηροπυρίτη τοποθετημένους επάνω σε ροδοχρωσίτη από το μεταλλείο Ολυμπιάδας καθώς και δείγματα γαληνίτη και σφαλερίτη.
Κρύσταλλοι γαληνίτη
ε.Ορυκτά από την υπόλοιπη Ελλάδα
Στην προθήκη Δ52 διακρίνονται ένα ρουμπίνι (κορούνδιο) από τη Θράκη, κρύσταλλοι σπεσσαρτίτη με βαθύ κόκκινο χρώμα μεγέθους έως 4 cm από τα Θάψανα της Πάρου, γλαυκοφανή από τη Σύρο, επίδοτου (κρύσταλλοι περί τα 5 cm) από τα Κιμμέρια της Ξάνθης και ουβαροβίτη από το Δομοκό Λαμίας, ενώ στην προθήκη Δ51 ξεχωρίζει το δείγμα αντιμονίτη από τη Χίο (κρύσταλλοι έως 5 cm),
Σπεσσαρτίτης
στ. Ορυκτά από άλλες χώρες
Η προθήκη Γ22 περιέχει εντυπωσιακά εκθέματα από το εξωτερικό όπως οι κρύσταλλοι χαλαζία μεγέθους έως 20 cm με εγκλείσματα χλωρίτη και σχηματισμό «phantom crystal» από την περιοχή των βορείων Ουραλίων στον πολικό κύκλο, ενώ στην προθήκη Γ23 ξεχωρίζουν ένα δείγμα με κρυστάλλους μαλαχίτη έως 1 cm από την Katanga του Ζαΐρ, αυτοφυής χαλκός (δενδροειδές συσσωμάτωμα μεγέθους περί τα 40 cm) από τη Χιλή και κρύσταλλοι απατίτη από τον Καναδά.
Οι θεματικές συλλογές περιλαμβάνουν επίσης:
ζ. Ορυκτά του διοξειδίου του πυριτίου στις προθήκες Δ70 και Δ71.
ηζ. Ορυκτά της ομάδας των ζεόλιθων στην προθήκη Δ72.
θ. Ραδιενεργά ορυκτά στην προθήκη Δ45 (ειδικά προστατευμένη με επάλληλα φύλλα μολύβδου και διπλές μολυβδύαλους).
ι. Οργανικές ενώσεις και ορυκτοί άνθρακες στην προθήκη Δ50.
ια. Πολύτιμοι λίθοι και γλυπτά. Στο κέντρο της δεύτερης αίθουσας δεσπόζουν δύο αυτόφωτες κρυστάλλινες προθήκες (Ε1 και Ε2) με πολύτιμους λίθους ακατέργαστους και επεξεργασμένους, συνθετικοί λίθοι, ακριβείς απομιμήσεις του φημισμένου διαμαντιού Cullinan, όπως βρέθηκε στη φύση και των κοσμημάτων που δημιουργήθηκαν μετά την κοπή και επεξεργασία του, καθώς και γλυπτά από πολύτιμους και ημιπολύτιμους λίθους, μαζί με το αντίστοιχο ακατέργαστο φυσικό υλικό από το οποίο κατασκευάστηκαν.